ＪＲ元町駅東口前の交差点を渡ったところにある元町穴門商店街（この通りがこういう名前とは知らなかった(^^;）には、ちんき堂という店があります。
「お洒落とお下劣／元気な古本」というキャッチフレーズでカルトな古本(カルト漫画（昔の劇画エロ本）、カルト特撮の本、カルト映画本、カルトファッション誌、Ｂ級アイドルレコードなど)を中心に扱っています。
店舗はこじんまりとしていて雰囲気の有る店です。
(隣にあった「神戸元町カツ丼」は閉店しました。(´д⊂))
ちんき堂近くの路地に汎芽舎という中古レコード＆古本の店があります。
古本はダーク＆ホラー系のコミックや書籍を中心にカルトなサブカル本を扱っています。
レコードも海外のマニアックなロック、ジャズ、サイケ、テクノを中心にＣＤも扱っています。
鯉川筋沿いにある西阪ビルの４Ｆには１９５０年から７０年代にかけてのアメリカの絵本および雑貨を扱うFavulous OLD BOOK（ファビュラス・オールド・ブック）があります。
絵本の冊数はかなり多く、作家別やジャンル別に整理されています。
2015年10月29日には鯉川筋のひとつ西の路地に、元町商店街にあったブックカフェ・エメラルドブックスが移転してきました。
絵本、児童書、アート、デザイン、紀行本、趣味、一般書を扱っています。
鯉川筋沿いにある一貫楼の東２軒隣の２Ｆにできたジュンク堂のバーゲン本を販売するOUTLET BOOKSは閉店しました。
元町駅北西の生田中学校西向かいにあった有文堂書店は2013年12月に家賃の高騰により閉店しました。
元町駅北東の元町福穂ビル２Ｆにあったトンカ書店は2019年2月に建物の老朽化により、元町商店街に移転し店名を花森書林としてリニューアルしました。
2018年10月29日にオープンしたJR高架下・ピアザ神戸の旬風堂(ジュンプウドウ)書店は2019年12月末に垂水区に移転しました。

ＪＲ元町駅から神戸駅間の高架下商店街・モトコーには数多くの古本屋が点在していましたが、JR西日本のモトコー解体によりすべてなくなりました。
モトコー２にあったハルカゼはモトコー３の春風書店に統合され消滅し、その春風書店も2014年3月18日店主高齢のため閉店しました。
モトコー２のコミックポイポイ、モトコー４のアメカゼ、あづま書店、倉書房は閉店、モトコー５にあったマルキ書店は無店舗営業になりました。
2009年4月にはモトコー２の藤本書店も閉店・廃業してしまいました。
2016年3月6日にはモトコー７の岡書店がJRの立ち退き要求により廃業しました。
2018年1月31日にはモトコー３のツインズ書房が閉店しました。
兵庫中学のそばから移転してきたマルダイ書店は2020年2月に立ち退きにより元町商店街に移転しました。
サンコウ書店は2020年10月に立ち退きにより元町商店街に移転しました。
(現在JRがモトコーを取り壊しており、モトコーは、ほぼ消滅しています。)

元町商店街とその近隣に１１件の古本屋と２件の合同古本販売店があります。

元町６丁目。
老舗の文紀書房は美術、歴史、文学、一般書籍を置いています。

元町４丁目。
2020年10月2日に、モトコー２で営業していたサンコウ書店が移転してきました。
歴史、文学、趣味・娯楽、一般書、写真集、小説、文庫、コミックなどを扱っています。
2019年10月1日に、こうべまちづくり会館の1Fに神戸元町みなと古書店という7店の合同店舗がオープンしました。
神戸古書倶楽部は何店かの古本屋が共同で運営している合同店舗です。
ハニカムブックスは古本と雑貨の店で、古本は絵本や児童書を主に扱っています。
2020年9月に、ハニカムブックスの南隣のビルの1Fに「本の栞」という店がオープンしました。文学、文芸、思想、哲学、映画、アート、趣味、サブカル、コミックなどを扱っています。
さらに神戸高速「花隈」駅北側には兵庫県古書籍商業協同組合の兵庫県古書会館があり、毎年３月・７月・１１月の第一金･土曜日に神戸古書即売会を開催しています。

元町３丁目。
2017年4月ごろに、花隈公園北のラスカサス花隈1Fに「古書ノーボ」がオープンしました。
SF、文学、文庫、コミック、サブカル、実用書、美術、芸術などを扱い、企画コーナーなども行っています。
古本レトロ倶楽部は、昭和３０年代の映画、６０’７０’年代の音楽中心にサブカルチャー関連本＆ＣＤを扱う店です。
2019年2月7日には、鯉川筋近くにあったトンカ書店が花森書林として移転オープンしました。
コミックをはじめファッション、音楽、フォト、一般書、小説、文庫、児童文学などを扱っています。(2023年5月店主・頓花がなくなり、跡を弟さんが継ぐことになりました。)
2016年11月に、元町商店街の荻原ビル3Fに「古本の独尊(ドクソン)」という店がオープンしました。
コミック、文庫が中心で、コミックはプレミア本を少し扱い、文庫はミステリー中心で、文庫以外のミステリー関連本もあります。文庫は他に時代小説、文学、文芸などを扱っています。
2022年12月に、三宮のセンタープラザから清泉堂が移転オープンしました。幅広い品揃えで人文、思想、宗教、歴史、古典、芸術、児童書、戦記、文庫、趣味本、コミックなどを扱っています。

元町２丁目。
2014年4月、南京町西門の南にオープンした、うみねこ堂書林は高名な探偵小説マニアの店主さんがはじめた店で、推理、SF、特撮、時代小説、思想哲学、数学本などを扱っています。

乙仲通り。
2020年12月に、南京町西門の西にあった１００３(センサン)が乙仲通りの東方ビル５Fに移転しました。新刊と古本を扱う店で、サブカル、文芸、文学、児童書、アート、酒本、婦人本などを扱っています。

なお、つのぶえは西代駅南に移転、老舗だった黒木書店、たから堂、笹野書店は閉店しました。
栄町の新刊と古本のセレクトショップ・Vivo,va book store（ヴィヴォヴァブックストア）も2010年7月に閉店しました。
2013年9月30日には古書の委託販売や、「古本波止場」という古書店の共同販売コーナーがあった新刊書を販売する海文堂が閉店しました。
2013年12月1日にはオーナーが個人で集めた古本を販売していたシラサが閉店しました。
元町商店街4丁目の山田ビル2Fにあった、こまんか書房は、2014年10月ごろ閉店しました。
2013年3月に元町商店街6丁目のKLTビル2Fにできたエメラルドブックスは兵庫県庁南東に移転しました。
2014年12月に乙仲通の清和ビルにオープンした書肆スウィートヒアアフターは2015年12月に閉店し、ネット販売へ移行しました。
乙仲通の謙昌ビル４Ｆにあったポレポレ書舗は2016年6月末に閉店しました。
2022年4月にモトコーから移転したマルダイ書店が兵庫区上沢通に移転しました。
2023年9月18日に、元町商店街のひとつ北の通りにある寿ビル２Fにあった、古本 荒野(コウヤ)が建物取り壊しにより閉店しました。