ＪＲ京都駅周辺には南の烏丸通り沿いにコミックショック 八条口店があります。
コミックショックはコミック中心で、少ないですが、美術、専門書、婦人モノ、一般書などもあつかっています。本やゲーム以外に中古家電も扱っている店です。
（２０１０年にオーナーが変わったらしいです。）
京都タワービル３Ｆにあったふたば書房 京都タワー店は2012年7月に閉店しました。

下京区の堀川通周辺には、松原通油小路東入ルにＹＵＹ(ユイ)ＢＯＯＫＳ、七条堀川に谷書店があります。
ＹＵＹ(ユイ)ＢＯＯＫＳは新町通のつくるビル２Ｆから、2014年4月に松原通の「いろいろデザイン」内に移転しました。
西本願寺近くの谷書店は仏教関係が中心で、宗教、思想、哲学、日本史、文芸、趣味、一般、文庫などを扱っています。
五条通りの油小路通り近くの増田ビル５Ｆにあった砂の書は、ビル解体により店舗を閉店しました。
五条通りにあったブックオフ 堀川五条店は2019/2/17に閉店しました。